A Estrada de Ferro Sorocabana acusou o trabalhador de lenha Domingos Gomes de ter abandonado seu serviço após ter contraído malária e não ter, consequentemente, cumprido uma ordem de remoção para o depósito de Santo Antônio. No acórdão, o CNT resolveu transformar o julgamento em diligência, de modo a fazer um exame médico em Gomes para comprovar sua enfermidade. A empresa conduziu a inspeção médica e Gomes foi aposentado por invalidez, porém não recebeu os vencimentos do período entre sua suspensão, levada a cabo por conta do inquérito administrativo, e a aposentadoria. O CNT determinou que a empresa pagasse tais vencimentos ao funcionário. Porém, esta alegou que tal obrigação deveria caber à Caixa de Aposentadorias e Pensões, que, por sua vez, disse que o pagamento dos vencimentos era obrigação da Estrada de Ferro, o que criou um impasse. A empresa interpôs embargos à decisão que foram aceitos pelo CNT, impondo o pagamento dos vencimentos à Caixa de Aposentadorias e Pensões até o dia em que Gomes foi afastado de suas funções. A Caixa apelou da decisão. Porém, o recurso não foi conhecido por ter sido interposto fora do prazo. Após nova tentativa de recurso, a Procuradoria-Geral emitiu parecer em que define a instância administrativa como estando encerrada, determinando o cumprimento imediato da sentença.

A empresa instaurou inquérito administrativo para apurar a responsabilidade dos funcionários no tombamento de um trem. Visto que a companhia não conseguiu provar a falta dos empregados, o CNT determinou a reintegração dos dois aos seus serviços. A firma apresentou embargos à sentença, os quais foram desprezados. Posteriormente, Alípio Custódio reclamou ao Conselho que não recebeu os vencimentos relativos ao período de seu afastamento e o órgão julgou procedente a reivindicação. A Estrada de Ferro São Paulo e Minas contestou a decisão do CNT, porém os embargos foram desprezados.