A empresa abriu inquérito administrativo para investigar a conduta do empregado, ao qual foi atribuída responsabilidade pelo desaparecimento do revólver de um passageiro, visto que aquele era chefe de trem. A apuração desta falta observou rigorosamente as regras das instruções do CNT, entretanto, não provou a culpa do funcionário. Assim, o CNT julgou improcedente o inquérito e determinou a reintegração de Joaquim Fernandes Silva Junior com todas as vantagens legais.